常是因为Windows目录中的文件损坏 丢失或注册表出错造成的，因此，我们在安装好Windows 98及相应的应用程序后，可以将Windows安装目录的所有内容都复制到其他分区的备份目录中，比如D:\Win98Bak。
　　需要重新安装Windows 98时，启动到DOS状态下，用1分钟的时间将D:\Win98Bak下的所有内容都复制到C:\Windows中即可。重新启动计算机后，你会发现进入的Windows 98和全新安装的Windows 98没有什么两样！
　　在备份Windows目录之前，应该先做好以下工作：
　　1． 全新安装驱动程序和应用软件
　　在安装好Windows 98以后，应该安装好主板 声卡 显卡等硬件设备的驱动程序及DirectX Intel应用程序加速器等的最新版本。然后安装杀毒软件 办公软件 媒体播放软件等，并设置好网络连接 为系统打上最新的补丁 完成软件的注册。
　　2． 删除Windows目录中无用的垃圾文件
　　删除Windows安装目录Temp文件夹下的所有文件，清空回收站中的垃圾文件，删除IE缓存中的临时文件和历史记录。如果对Windows 98比较熟悉，可以删除Windows目录Help文件夹下的所有文件。当然，你也可以先安装“Windows优化大师”对系统和注册表进行优化。在复制Windows目录时，注意不要复制win386.swp文件。它是Windows 98的虚拟内存文件，不需要备份。
　　3． 进行磁盘碎片整理
　　为了提高Windows 98的运行速度，保证复制文件的连续性，在对Windows安装目录进行复制前，最好先对Windows 98安装盘进行磁盘碎片整理。