《Msconfig也要清洁》一文中提到，在使用Msconfig程序优化系统之后，再打开Msconfig之后，会发现“启动”选项卡中还有已被删除程序的启动选项。我们可以打开注册表编辑器窗口，依次展开[HKEY_LOCAL _MACHINE\Software\Microsoft\Shared Tools\ Msconfig]分支，将Startupreg子键下的所有选项全部删除即可。但该方法经测试只对Windows 2003有效。
　　事实上，Windows 98/2000/XP中Msconfig 中的垃圾，都保存在注册表[HKEY_LOCAL _MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run-]这个分支里，只要将该分支下的所有子键全部删除，Msconfig程序“启动”选项卡中的垃圾就会消失。